Os departamentos temáticos da CNTU são organismos de apoio à confederação em suas respectivas áreas. Cada um deles tem um coordenador, indicado pela diretoria, com mandato de dois anos.
| Alimentação | Ernane Silveira Rosas |
| Amazônia e meio ambiente | Fátima Cristina Palmieri |
| Bioética e direitos humanos | Luciano Elói |
| Brasil 2022 | Allen Habert |
| Cidades e mobilidade | Claudio Costa Manso |
| Ciência, tecnologia e inovação | Marcelo Zuffo |
| Conjuntura econômica | Waldir Pereira Gomes |
| Cooperativismo | João Carlos G. Bibbo |
| Educação continuada | Fernando Palmezan Neto |
| Formação sindical | José Carrijo Brom |
| Jovem profissional | Marcellie Dessimoni |
| Políticas de saúde pública e privada | José Ferreira Campos Sobrinho |
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Relações internacionais |
Welington Moreira Mello |
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Trabalhadoras Universitárias |
Gilda Almeida de Souza |
| Valorização profissional | Tadeu Ubirajara |
Uma iniciativa da CNTU em prol do desenvolvimento nacional e do bem-estar da população.